為不影響小麥面粉機篩分效率及面粉品質，每次使用小麥面粉機工作完畢，操作人員應對整機進行認真細致地清洗，尤其是錐篩和平篩的篩網必須清理干凈。
當小麥面粉機在使用一段時間之后，在一些角落常常會積攢一些麥粒和一些面粉等，如果長時間清理不當，就會與灰塵混雜在一起，不能再食用，要是散落到潮濕的地方，特別容易引起小麥發霉，產生異味，在一些很狹窄的地方也是特別容易散落灰塵的，極其難打掃。

在一些很狹窄的地方建議用戶先用小刷子一點點清理出來，禁止用手打掃，以免受傷，要是小刷子也不能清理，那么就只能拆卸設備了，在當下市場上所出售的對輥小麥面粉機及小麥石磨面粉機設備，由于生產性，都會有遺漏麥粒的現象，是正常的，只要用戶把后期的清理工作做到位便可。